1999年(👷)，某个东西被(bèi )卡车运出了馆(🔼)山市(shì )。几(😘)天后，哥(🔱)斯拉登陆(lù )了馆(guǎn )山(shān )，特生(shēng )自卫(🛤)队(duì )(🌰)出动(dòng )与之展(zhǎn )开了苦(😧)战。在战斗中，自(zì )卫(🌗)队员家城茜（釈(shì )由(🐿)美子(zǐ ) 饰(🎩)）意外害死(sǐ )了战友叶山二尉（森末慎(shèn )二 饰(shì )），自(zì )己却侥幸活了下(xià )来，并(🚑)被派去(🕕)了(🤯)资料(liào )(🐖)科(🤷)。　　(⏺)另(lìng )(🚢)一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰(🥔)）的(de )指挥(📙)下(xià )，召集了(🙌)汤(tāng )原(yuán )德光（宅麻伸(🙉) 饰）等科学家开始(🤷)研(yán )究(🧤)对(duì )付哥斯拉(lā )的G兵器(⛳)。他们以在馆山冲挖掘(jué )出(chū )来的初代哥斯拉(lā )骨骼为(wéi )基础(🥊)，用了四年(nián )制(zhì )成了机械(➡)哥斯拉——(🐨)3式机龙。柘植首(shǒu )相辞职(zhí )(🐩)，由科(🔈)学技术厅长(zhǎng )官(guān )五十(📧)岚隼人（中尾彬(👌) 饰(📸)）就任新首相(🥅)。同时，茜被派(📐)去了(🌂)机(🔙)龙队，担任机龙(💣)的操作(zuò )员。　　就在(zài )准备机龙测试机动(dòng )时，哥斯(👚)拉又在东京湾出现了。机龙(🎴)赶(😉)赴现(🚩)场与哥斯拉(💁)对战，却(què )因哥(gē )斯(🐈)拉的(🍯)吼声唤醒了体(🐌)内的野兽(👼)灵魂(hún )，突(tū )然暴走(zǒu )，在城市(shì )(🍾)中造成了大破坏。　(🏗)　为了改良机龙，汤(🏖)原改(🐸)变了机(jī )(🏗)龙DNA计(♟)算机的碱构造(zào )，使机(jī )(😄)龙(lóng )不会再(zài )受哥斯拉叫(jiào )声的(🥈)干扰。但(dàn )由于(yú )对再(🎆)次暴(bào )走(🔂)的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。　　哥斯(sī )拉再度出(chū )现(xiàn )在(🍏)东京湾(wān )，一路(📒)无视特生(shēng )自(zì )卫队的攻击来到了(le )品川(🛒)，令(🏫)城市(😫)变成了一片(🐊)火海。面对如此情(qíng )(🔘)景，五十岚(lán )终于同意让(🎆)机龙出(chū )动。　　为了打败(👶)哥(🍩)斯拉，机(jī )龙被(bèi )送(📧)到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机(⤴)龙和茜的(🗄)战斗就这样开始(shǐ )了(🏚)。