自(zì )西元20XX年(⛲)，人类从(cóng )(📼)肯亚图尔卡纳湖的湖(hú )畔挖出了一个(gè )名叫索(🎺)哈(🔧)尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研(🎏)究(❣)，后(🏇)来有人(rén )(😎)重(🚤)建(🖲)出来(lái )所(🕔)谓的“神之(🗄)语言”，并建(🙍)立(💆)电脑程式以(🚉)启动原始索哈尔，进行和上位领(lǐng )域的U-DO(上位领域当(dāng )中(zhōng )的(de )红色波动存在)连(lián )(🌚)结的连结实(shí )验，但很(hěn )(💱)不幸地，从上位领(lǐng )域(yù )流(🙂)入(rù )下位领域的能量造(🌞)成了事象变移，使地(dì )(⏰)球(游(⛏)戏中所谓(🧤)的(de )“失(🤲)落耶路撒冷(lěng )”)几(🤳)乎完从(cóng )从(cóng )宇宙(zhòu )中“消(xiāo )失”，人(rén )类因(yīn )而(ér )被迫(💹)逃(táo )亡(wáng )(🏉)，离(🍑)开(👊)地(dì )球。　　到了四千年(🐛)多后，在故事开始(shǐ )前(qián )十五的(💹)T.C.4753年，米尔奇亚行(háng )星(Miltia)爆发了所谓(wèi )的米尔(🔞)奇亚冲突(🔎)事件，在此次事(shì )件当中(zhōng )，米(mǐ )尔奇亚(yà )行星的人类疑似遭到了格(🚻)诺西(xī )斯(Gnosis)的攻击，并在(😉)冲突事件(⛴)后消失，但事件的真(zhēn )相(🐈)却因为米尔奇亚的消失(🖱)而不为人知。在事件后，启动原始索哈(📯)尔（后来人类制造出(🐣)了十二具索(suǒ )(🏖)哈尔模拟体，因(😼)此原有(♟)的索(suǒ )哈(🏁)尔就被称之(zhī )为原(🤠)始(🐑)索哈(hā )(😂)尔）所需的神之(zhī )语言、原始(👅)索哈尔的研(yán )究成果、米(mǐ )尔奇亚的U.M.N.座标等事(🔡)物，都被封存(cún )在Y资(🍏)料(liào )当中，而Y资料又被封(fēng )存在(🌄)百式观测(🆕)用(yòng )合成(💓)人(Relian)M.O.M.O.的意识(🚖)内，然而这么(me )做却引起(qǐ )了各方势力对M.O.M.O.的(de )争夺，因(🚹)此星团联邦政府(游戏中统治各行(háng )星的(de )政(🗄)府，英(🎅)文名(míng )(💻)Galaxy Federation)雇(gù )了一个(gè )名(míng )叫(🏰)Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以(yǐ )(🕳)保(💃)护M.O.M.O.的安(😀)全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结(🚌)束(shù )后(hòu )的(😄)十几年，也就是大约(🤥)在游戏(xì )EPI开(👮)始的时候，当时最大(dà )的企(🚔)业贝克达(🈳)公司以(yǐ )对抗(💁)格(gé )(🔢)诺西斯侵扰(rǎo )(📏)的名义，进(jìn )行对格诺西斯用(😞)战(🙈)斗兵器(qì )KOS-MOS的开(🔀)发计划，但和当(🎴)时(🕰)多使用(yòng )合成人(Relian)与生化人(📰)(Cyborg)的情况所不同的(de )是，KOS-MOS是个纯粹的(de )(🔢)机械制品。另一方面，在EPI开始(shǐ )时(shí )，参与KOS-MOS开发(💺)计划(huá )(🚱)的贝(bèi )克达(dá )公司(🔛)第(🗝)一开发局(👺)研究(jiū )人员(🎯)卯(mǎo )月紫苑(😫)，正乘(chéng )(🛹)着当时(shí )载(🐕)有还(hái )没(méi )正式启动的(🌨)KOS-MOS的Woglinde号(hào )(👷)太(🍶)空船进(jìn )行旅途。但(dàn )没想到(dào )(🏹)其太空船(chuán )却被冲著索哈尔而来(lái )的(de )格(gé )诺西斯所(suǒ )攻(👼)击，而KOS-MOS也在此(🔥)时(shí )突然启动，卯(mǎo )月紫(zǐ )苑因而被卷入一连(lián )串和格诺西斯(🖇)及索(💳)哈(👲)尔有关的(de )(☔)阴谋，以及(📣)会改变人(✖)类命运的事件当中(zhōng )(🙂)……